Tonggak berdirinya Kolese St. Ignatius Yogyakarta (Kolsani) berawal ketika pada tahun 1910, Rm. F. van Lith, SJ dan Rm. Y. Mertens, SJ melihat ada tanda-tanda panggilan di antara siswa Kweekschool (Sekolah Guru) di Muntilan. Hal ini sesuai angan-angan Rm. van Lith perihal tenaga gerejani pribumi.
Tanda itu menjadi nyata dan jelas ketika Petrus Darmaseputra serta Fransiskus Xaverius Satiman memohon izin untuk belajar menjadi imam. Pater Jendral Serikat Jesus saat itu, Rm. Franz Xavier Wernz, SJ (1906-1914), menyetujui agar mereka dididik sebagai calon imam Jesuit. Tahun 1914, agar kualitas imam pribumi sesuai standar tuntutan Roma, mereka menjalani pembinaan para calon Jesuit di Belanda.
Antara tahun 1916-1920, sekitar 10 siswa Muntilan menyusul pergi ke Belanda. Namun, karena faktor cuaca yang dingin, dua di antara mereka meninggal dan seorang lainnya terganggu kesehatannya. Maka, Rm. van Lith mengusulkan agar pendidikan awal (novisiat) diadakan di Jawa.
Lantas, pada Agustus 1922, dibukalah novisiat yang disebut Domus Probationis di sebuah rumah sewaan di Sultans Boulevaard yang sekarang menjadi Gereja HKBP Yogyakarta, Jl. I Dewa Nyoman Oka No. 22 Kotabaru, Gondokusuman, Yogyakarta.
Rm. Fransiskus Strater, SJ—yang sudah hadir di Kotabaru sekitar tahun 1918—membeli tanah lapang dan permakaman di seberang novisiat itu untuk pembangunan rumah pembinaan Jesuit yang baru pada tahun 1925 diberi nama Collegium Sancti Ignatii (Kolese Santo Ignatius—Kolsani).
Selesainya tahap pertama pembangunan rumah pembinaan ini ditandai dengan upacara pemberkatan pada 18 Februari 1923 oleh Rm. J. Hoeberechts, SJ, Superior Misi Serikat Jesus waktu itu. Sebagai peringatan, di Ruang Nyoman Oka Kolsani diletakkan sebuah batu peringatan dengan tulisan: A.M.D.G., me posuit, J. Hoeberechts, Sup. Miss. S.J., die 18 Febr. 1923
Tanggal 16 Juni 1923, pembinaan novisiat mulai dijalankan di Kolsani. Rm. Straeter, selaku pembina para frater sekaligus Rektor Kolese, mengutus para frater novis untuk seminggu dua kali membantu mengajar para calon baptis di Yogyakarta dan sekitarnya yang dirintis para guru lulusan Muntilan.
Dengan demikian, kegiatan seluruh penghuni Kolsani tidak hanya sebatas tembok-tembok gedung, yaitu belajar-mengajar, tetapi juga untuk kerasulan ke luar, seperti ke paroki, stasi, kursus katekis, dan sebagainya.
Tahun 1925, di kompleks Kolsani dibangun pula Seminari Kecil serta kemudian Seminari Agung. Pada tahun 1968, Seminari Agung ini (bersama Institut Filsafat Teologi) kemudian pindah ke Seminari Tinggi Santo Paulus, Kentungan.
Pada zaman pendudukan Jepang (1942-1945), para romo dan biarawan-biarawati dari Belanda dimasukkan ke kamp tahanan. Kolsani menjadi tempat penampungan tahanan bagi para suster dan wanita Belanda. Para penghuni Kolsani pun tersebar ke berbagai tempat. Dalam situasi ini, Rm. Straeter meninggal sebagai internir.
Setelah Jepang mengalami kekalahan dalam Perang Dunia II dan kemerdekaan Indonesia diproklamasikan pada 17 Agustus 1945, semua bangunan yang sebelumnya diduduki Jepang diserahkan kembali kepada pemiliknya dan berfungsi seperti semula.
Rm. Bernhard Kieser, SJ dalam wawancara menyambut perayaan 100 tahun Kolsani menceritakan bahwa pada 11 Agustus 1945, para Jesuit keluar dari penjara dan kembali ke Kolsani. “Rm. Adrianus Djajasepoetra, SJ (Rektor Kolsani saat itu-Red), yang lalu menjadi Uskup Agung Jakarta, merebut kembali rumah ini menjadi rumah Jesuit,” kisah Rm. Kieser.
Tahun 1978, setelah Seminari Agung serta Institut Filsafat Teologi berpindah ke Kentungan, pintu utama Kolsani tidak lagi menghadap ke Jalan Nyoman Oka tetapi ke Jalan Abubakar Ali. Dinamika kehidupan Kolsani turut berubah. Para skolastik (frater) yang tinggal di Kolsani hanyalah mereka yang menjalani kuliah teologi.
Kolsani yang semula merupakan novisiat, berganti peran menjadi rumah formasi bagi para skolastik yang telah selesai menjalani Tahun Orientasi Kerasulan (TOK) dan mempersiapkan tahap akhir untuk tahbisan imamat dengan belajar teologi.
Tanggal 18 Februari 2023, Kolsani genap berusia 100 tahun. Pada usia seabad ini, Kolsani merefleksikan visi untuk menjadikan dirinya sebagai rumah formasi bagi orang muda. Visi ini sejalan dengan mandat Pater Jenderal Serikat Yesus, Rm. Arturo Sosa, SJ, yakni Universal Apostolic Preferences (UAP), yang salah satunya mengajak “berjalan bersama kaum muda”.
Wujudnya antara lain terlibat bersama orang-orang muda dari berbagai agama dan kepercayaan dalam usaha membangun dialog dan jembatan persaudaraan serta dalam gerakan sosial seperti di Perkampungan Sosial Pingit (PSP). Bersama orang-orang muda tersebut yang terlibat sejak dulu, sekarang, dan nanti, Kolsani akan terus berperan aktif dalam membangun masyarakat Indonesia yang lebih adil dan beradab.
